Описана математическая модель расщепления, основанная на фундаментальных свойствах нормального распределения. Предложены классификация расщеплений и их соотнесение с методикой исследования, ориентированной на преимущественное использование количественных (измеряемых) признаков. Описан алгоритм последовательного разделения би- и мультимодальных выборок на отдельные группы с применением свойства симметрии нормального распределения. Представлен метод балансировки групп, повышающий точность деления исходной выборки и унифицирующий подсчет количества объектов в группах. Продемонстрирована применимость описываемого метода к сложным распределениям различного вида, обеспечивающая определение формулы расщепления для выявленных групп. Приведены сведения о доступе к исполняемому модулю и исходным текстам специально разработанного инструментального средства.
Идентификаторы и классификаторы
В ходе исследования может выясниться, что анализируемые признаки не являются независимыми. Более того, на один и тот же количественный показатель могут влиять сразу несколько признаков. В таком случае следует собрать максимально подробные данные измерений (или иных количественных оценок проявлений изучаемых признаков) и использовать их как входные данные (исходная матрица данных) для применения метода главных компонент. В результате вычислений будут получены: (а) вектор собственных чисел, отражающий статистический вес (информативность) сформированных собственных векторов, и (б) собственные векторы, отражающие вклад каждого из исходных признаков в формирование того или иного орта (оси координат) преобразованного пространства; в этом пространстве исходные объекты могут группироваться в виде облаков рассеяния.
Список литературы
1. Авдеев Ю.И. Генетический анализ количественных признаков растений (монография). Успехи современного естествознания. 2010;(2):87-88. EDN: KYRGKR
Avdeev Yu.I. Genetic analysis of quantitative traits of plants (monograph). Advances in Current Natural Sciences. 2010;(2):87-88 (in Russian). EDN: KYRGKR
2. Белоногова Н.М. “Прямая” и “обратная” генетика. Генетика количественных признаков. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2014;18(1):147-157. EDN: SJCEQZ
Belonogova N.M. “Direct” and “reverse” genetics. Genetics of quantitative traits. Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii = Vavilov Journal of Genetics and Breeding. 2014;18(1):147-157 (in Russian). EDN: SJCEQZ
3. Вентцель Е.С. Теория вероятностей: Учебник для вузов, изд. 6-е, стер. М.: Высш. школа, 1999.
Wentzel E.S. Theory of Probability: Textbook for High Schools (6th ed., steryotyped). Moscow: High School Publ., 1999 (in Russian).
4. Гончарова Э.А., Шумлянская (Почепня) Н.В., Щедрина З.А. Методология анализа количественных признаков в разработке технологий создания исходного материала для селекции растений. Овощи России. 2013;(3):30-31. EDN: RBJTNF
Goncharova E.A., Shumlyanskaya (Pochepnya) N.V., Shchedrina Z.A. Methodology for the analysis of quantitative traits in the development of technologies for creating initial material for plant breeding. Vegetable Crops of Russia. 2013;(3):30-31 (in Russian). EDN: RBJTNF
5. Ефимов В.М., Речкин Д.В. ЯКОБИ - входной язык пакетов прикладных программ статистической обработки биологических данных. Науч.-техн. бюл. Новосибирск: ВАСХНИЛ, Сиб. отд-ние. 1985;(48):12-17.
Efimov V.M., Rechkin D.V. JACOBI - the input language of packages of applied programs for statistical processing of biological data. Scientific and Technical Bulletin. Novosibirsk: VASKhNIL, Siberian Department. 1985;(48):12-17 (in Russian).
6. Костылев П.И., Краснова Е.В., Аксенов А.В. Наследование ряда количественных признаков у гибрида риса Карлик 1 × LK. Зерновое хозяйство России. 2018;(3):43-47. DOI: 10.31367/2079-8725-2018-57-3-43-47 EDN: XSEXRB
Kostylev P.I., Krasnova E.V., Aksenov A.V. Inheritance of a number of quantitative traits of the rice hybrid Karlik 1 × LK. Grain Economy of Russia. 2018;(3):43-47. 10.31367/2079-8725-2018-57-3-43-47 (in Russian). DOI: 10.31367/2079-8725-2018-57-3-43-47(inRussian) EDN: XSEXRB
7. Костылев П.И., Краснова Е.В., Аксенов А.В., Балюкова Э.С. Анализ наследования количественных признаков у гибрида риса Кубояр × Гагат. Аграрный вестник Урала. 2020;(11(202)):64-75. DOI: 10.32417/1997-4868-2020-202-11-64-75 EDN: DZONHG
Kostylev P.I., Krasnova E.V., Aksenov A.V., Balyukova E.S. Analysis of the inheritance of quantitative traits in the rice hybrid Kuboyar × Gagat. Agrarian Bulletin of the Urals. 2020;(11 (202)):64-75. 10.32417/1997-4868-2020-202-11-64-75 (in Russian). DOI: 10.32417/1997-4868-2020-202-11-64-75(inRussian) EDN: DZONHG
8. Мендель Г. Опыты над растительными гибридами. М.; Л.: ОГИЗ-Сельхозгиз, 1935;112.
Mendel G. Experiments on plant hybrids. Moscow - Leningrad: OGIZ-Selkhozgiz Publ., 1935;112 (in Russian).
9. Мережко А.Ф. Использование менделевских принципов в компьютерном анализе наследования варьирующих признаков. В: Экологическая генетика культурных растений: Материалы школы молодых ученых РАСХН. Краснодар: ВНИИ риса, 2005;107-117. EDN: WGNDPF
Merezhko A.F. The use of Mendelian principles in computer analysis of the inheritance of varying traits. In: Ecological genetics of cultivated plants: Materials of the school of young scientists of the Russian Academy of Agricultural Sciences. Krasnodar: All-Russian Research Institute of Rice Publ., 2005;107-117 (in Russian).
10. Речкин Д.В. Реализация входного языка ЯКОБИ для мини-ЭВМ “Электроника-60”. Пакет STATIC. Науч.-техн. бюл. Новосибирск: ВАСХНИЛ, Сиб. отд-ние. 1985;(48):18-24.
Rechkin D.V. Implementation of the JACOBI input language for the Elektronika-60 minicomputer. Package STATIC. Scientific and Technical Bulletin. Novosibirsk: VASKhNIL, Siberian Department. 1985;(48):18-24 (in Russian).
11. Gauss C.F. Theoria combinationis observationum: erroribus minimis obnoxiae. Göttingen: Societas Regia Scientiarum Gottingensis, 1821.
Gauss C.F. Theory of the combination of observations least subject to errors. Göttingen: Societas Regia Scientiarum Gottingensis, 1821 (in Latin).
12. Mendel G. Versuche über Pflanzen-Hybriden. In: Verhandlungen des naturforschenden Vereins in Brünn. IV. Band. Abhandlungen 1865. Brünn: Im Verlage des Verein, 1866;3-47.
Выпуск
Другие статьи выпуска
Для улучшения хозяйственно ценных признаков мягкой пшеницы ( Triticum aestivum L.) весьма перспективно геномное редактирование, а биобаллистический метод - один из наиболее распространенных способов доставки генетических конструкций. Бóльшая часть опубликованных работ по редактированию мягкой пшеницы выполнена с использованием нескольких модельных сортов. Показано, что эффективность трансформации - генотип-специфичный показатель, поэтому подбор условий для успешной трансформации немодельных генотипов является актуальной задачей. В работе проведено сравнение эффективности биобаллистики для трансформации зародышевых щитков мягкой пшеницы линии Велют при варьировании следующих параметров: материал и концентрация микрочастиц (20, 40 мг/мл для золотых микрочастиц и 50 мг/мл для вольфрамовых), давление гелия (650 и 1100 psi). Эффективность биобаллистики оценивали по среднему числу клеток, экспрессирующих репортерный ген белка eGFP, на эксплант. Результаты показали, что при использовании частиц вольфрама как при 650 psi, так и 1100 psi, а также частиц золота при 1100 psi и 40 мг/мл эффективность трансформации снижается из-за усиления повреждения тканей щитков. Наибольшая эффективность бомбардировки отмечена для микрочастиц золота при следующих сочетаниях параметров: концентрация частиц 20 мг/мл и давление 1100 psi либо 40 мг/мл и давление 650 psi.
Обратимое метилирование мРНК - модификация N6-метиладенозина (m6A) - оказывает влияние почти на все стадии ее метаболизма. Динамические и обратимые процессы регулируются «записывающими» m6A-метилтрансферазами, «стирающими» m6A-деметилазами и «считывающими» m6A-связывающими белками. Эти регуляторы распознают, добавляют или удаляют сайты, модифицированные m6A, соответствующим образом изменяя биологические процессы. m6A присутствует во многих мРНК, кодируемых генами, связанными с заболеваниями человека, в том числе онкологическими. Роль модификации m6A мРНК в возникновении опухоли и ее прогрессии связана главным образом с активацией экспрессии онкогенов и подавлением экспрессии генов опухолевой супрессии. В зависимости от уровня метилирования аденозина, экспрессии и активности соответствующих ферментов эта модификация мРНК может приводить как к активации, так и к торможению роста опухоли. Показано участие m6A совместно с другими эпигенетическими модификациями в регуляции возникновения, развития и прогрессии опухоли, в частности в ангиогенезе. Молекулярный механизм действия метилтрансферазы METTL3 является возможной мишенью для диагностики и лечения онкологических заболеваний, что важно для практической медицины. Об этом говорит влияние на рост опухоли ингибиторов METTL3 и ангиогенеза, показавших эффективность при некоторых типах опухолей.
Аденоассоциированные вирусы (AAV) прочно вошли в практику научных исследований в широком спектре областей, от молекулярной биологии до физиологии. Они прошли путь от открытия их как вирусов в 1965 г. до широко используемого молекулярно-биологического инструмента на сегодняшний день. Исследователей привлекает в них надежность, стабильная экспрессия трансгена и низкая иммуногенность. Часто AAV становятся привлекательным средством доставки для генотерапии. Все больше фармацевтических компаний запускают клинические испытания с использованием AAV в качестве доставки гено-терапии. В 2023 г. Food and Drug Administration (FDA - Управление по контролю качества пищевых продуктов и лекарственных средств, США) был одобрен препарат Roctavian для лечения гемофилии A на основе AAV. Прогресс в этой области навел нас на мысль о его концептуальном обобщении и написании настоящей работы. В статье приведен анализ последних молекулярно-биологических и биотехнологических решений для аденоассоциированной вирусной доставки, а также ее оптимизации на животных моделях и способах сделать ее более направленной. Рассмотрены особенности серотипов аденоассоциированных вирусов, особое внимание уделено их тропизмам к клеткам организма и генно-инженерным способам их изменения - направленной эволюции капсидов, использованию химерных капсидов, сшитых с рецепторами или одноцепочечными антителами альпак. Существенным недостатком AAV является ограниченность кассеты - лишь 4.7 кб генного материала. В обзоре описаны приемы увеличения переносимого генетического материала и осуществления трансдукции длинных по протяженности до 10 кб последовательностей кДНК; собрана информация по проводимым клиническим испытаниям, в которых задействованы AAV, а также охарактеризованы проблемы реализации доставки генов при применении AAV в терапии.
В последние годы в список модельных организмов внесен свободноживущий плоский червь Macrostomum lignano, нашедший широкое применение в ряде областей научных изысканий. Его ключевая особенность, высокий потенциал к регенерации, предоставляет ему устойчивость к токсичным соединениям и онкогенам, высокую адаптивность к резким изменениям факторов окружающей среды, а также длительный срок жизни, граничащий с условным бессмертием. С другой стороны, особенности хромосомного состава генома M. lignano, выраженные в ряде геномных нестабильностей, вкупе с регенерацией, не переходящей в опухолевый генез, открывает широкие возможности для фундаментальных исследований противораковых терапий. Обзор посвящен разбору направлений биологических наук, где применяется или мог бы применяться M. lignano.
Издательство
- Издательство
- НИИТПМ
- Регион
- Россия, Новосибирск
- Почтовый адрес
- 630089, г. Новосибирск, ул. Б. Богаткова, 175/1, Метро "Золотая нива", Автобус "Молодежная, Кошурникова"
- Юр. адрес
- 630090, г. Новосибирск, пр-т Академика Лаврентьева, 10
- ФИО
- Рагино Юлия Игоревна (Руководитель)
- Контактный телефон
- +7 (383) 3730981
- Сайт
- https://iimed.ru/