Рассмотрены возможности применения интеллектуальной системы управления (ИСУ) беспилотным воздушным судном (БВС). Подробно представлены этапы проектирования встраиваемой ИСУ на основе технологии квантовых и мягких вычислений. В частности, описывается возможность обучения реального БВС со встроенным генетическим алгоритмом, раскрыты варианты применения математического моделирования для извлечения обучающего сигнала. Особое внимание уделено программным инструментариям - «Оптимизаторам баз знаний на мягких и квантовых вычислениях», которые применяются для проектирования встраиваемой самоорганизующейся квантовой ИСУ в непредвиденных ситуациях управления. Представлены эффекты полученные за счет применения квантовых самоорганизующихся контроллеров, встроенных в контур управления ИСУ. Показано квантовое преимущество и превосходство ИСУ над классическими и нечеткими системами управления.