Статья посвящена формированию методологических оснований для комплексной диагностики инновационной активности предприятий региона. Значимость рассматриваемой проблематики определяется потребностью в выстраивании действенной региональной инновационной политики, нацеленной на ускорение научно-технологического развития и укрепление конкурентных преимуществ территорий. Анализируются базовые методические элементы измерения инновационной деятельности на уровне фирм, функционирующих в региональных экономических системах. Акцент делается на уточнении состава и логики интегрированного набора индикаторов, обеспечивающего многоплановую оценку инновационного потенциала и результативности внедряемых нововведений. Предложенный набор включает показатели ресурсного обеспечения (финансы, персонал, материально-техническая база), метрики инновационной активности (выпуск инновационной продукции, расходы на НИОКР, число реализованных новшеств), а также индикаторы эффективности (вклад нововведений в динамику экономических результатов компаний, освоение новых рынков, рост производительности). Представленные индикаторы и методика дают возможность осуществлять анализ, выявлять узкие места и проектировать управленческие решения.