На современном этапе развития медицинских услуг актуальной темой является анализ учреждений здравоохранения и проведение оценки их финансового состояния. Предмет настоящего исследования - методы анализа финансовой отчетности в оценке финансового состояния деятельности государственных автономных учреждений здравоохранения. Цель исследования заключается в методологическом обосновании применяемых методов анализа финансовой отчетности и трансформации их к методам анализа финансового состояния государственных автономных учреждений здравоохранения. В статье представлены данные финансовой отчетности государственного автономного учреждения здравоохранения форма (0503721), форма (0503730), форма (0503737) [10] и авторские методики расчета коэффициентов для оценки финансового состояния учреждения. Для получения комплексной оценки финансового состояния автономных учреждений здравоохранения опубликовано в научных статьях много методов расчета коэффициентов и их формул [5; 11]. Инструкция Минфина России № 33н «О порядке составления, представления годовой, квартальной бухгалтерской отчетности бюджетных и автономных учреждений здравоохранения» не предусматривает расчет предложенных авторами коэффициентов, и возникает проблема их применения в практической деятельности. В результате исследования проблемы определения показателей (коэффициентов) в оценке финансового состояния учреждений здравоохранения предложено сформировать три группы финансовых коэффициентов: группа (1) - коэффициенты нефинансовых и финансовых активов и обязательств; группа (2) - коэффициенты финансовой устойчивости, независимости и самостоятельности; группа (3) - коэффициенты рентабельности и эффективности. В группу (1) введены предложенные авторами настоящей научной статьи новые коэффициенты: роста (снижения) дебиторской и кредиторской задолженности по выплатам с построением их факторных моделей и методами расчета влияния факторов.